03/02
蔡總統英文、本部薛常務次長瑞元及相關政府單位及政界、醫界人士，共同出席參與新竹市馬偕兒童醫院醫療大樓興建工程感恩禮拜暨開工典禮。
03/04
公告「109年度全民健康保險西醫基層總額品質保證保留款實施方案」。
03/08
本部蘇政務次長麗瓊出席109年國際婦女節慶祝活動「Be Myself－昂首做自己」網路直播，鼓勵女性不因性別而看輕自己的潛能，在不同的職場領域開創自己的一片天，祝賀全國女性婦女節快樂，並感謝從事一線防疫工作的女性醫護人員。
03/10
行政院唐政務委員鳳視察本部中央健康保險署(以下簡稱健保署)「口罩實名制2.0」與健康存摺介接作業，協調內政部以批次交換戶號資料，提供健保署入檔進行健保卡網路註冊事宜。
03/10
中央流行疫情指揮中心安排臺灣華航及中國東方航空分別執行第2次武漢臺商返臺專機，共361位旅客於深夜抵臺後分送至3處集中檢疫所檢疫14日。本次安排我國13位醫護人員隨行，以妥善執行防檢疫作業與人員照料工作。
03/10
發布訂定「嚴重特殊傳染性肺炎隔離及檢疫期間防疫補償辦法」，使防疫補償發給相關事項有明確規範。
03/12
「口罩實名制2.0」新制上線，以「健保快易通 APP」線上預購口罩，繳費後至超商門市領取口罩。
03/19
蔡總統英文至本部疾病管制署昆陽辦公室視察「嚴重特殊傳染性肺炎中央流行疫情指揮中心國家實驗室」，感謝所有防疫同仁的辛勞與付出，本部疾病管制署亦針對此次疫情向總統說明「嚴重特殊傳染性肺炎檢驗及應變作為」。
03/20
為協助各直轄市、縣（市）政府有效結合社區內相關資源，落實社區防疫政策，本部訂定「因應嚴重特殊傳染性肺炎（COVID-19）社區防疫人力工作指引」，並以肺中指字第1093700233號函檢送予各直轄市、縣（市）政府參考運用。
03/21
為因應嚴重特殊傳染性肺炎(簡稱COVID-19)全球大流行，中央流行疫情指揮中心宣布，除已公布列第三級之亞洲、歐洲、北非、美國、加拿大、紐西蘭及澳洲外，自臺灣時間3月21日零時起提升全球旅遊疫情建議至「第三級」警告，國人應避免所有非必要之出國旅遊，自國外入境者，需進行14天居家檢疫。
03/24
考量嚴重特殊傳染性肺炎(簡稱COVID-19)疫情已造成全球大流行且境外移入個案持續攀升，為避免疫情透過航空運輸傳播，自臺灣時間3月24日零時起，我國全面禁止旅客登機來臺轉機，以減少人口跨境流動與降低疾病傳播風險。
03/24
發布修正「嚴重特殊傳染性肺炎隔離及檢疫期間防疫補償辦法」第2條條文，將未遵守中央流行疫情指揮中心實施防疫措施之民眾排除本辦法之適用。
03/26
發布訂定「執行嚴重特殊傳染性肺炎衛生福利機構照顧及護理人員防治工作著有績效者發給獎勵要點」，並自109年1月15日生效。
03/30
中央流行疫情指揮中心安排武漢第三批包機採用「類包機」形式，按照財團法人海峽交流基金會規劃，由中華航空上海飛桃園兩班定期航班，3月29日153名及本日214名滯留中國湖北的臺灣民眾搭乘返臺，並將依前兩次包機模式，落地後立即接受檢疫，隨後安排至集中檢疫處所。
03/30
發布修正「全民健康保險醫療服務給付項目及支付標準」，並自109年4月1日生效。本次修正包含西醫及牙醫診所離島假日門診診察費加計20%、新增西醫及牙醫診療項目各2項、調升牙醫門診符合感染管制方案之門診診察費、牙醫夜間急診處置費加計50%等。
03/31
公告「109年度全民健康保險牙醫門診總額牙醫急診醫療不足區獎勵試辦計畫」。
