04/01
中央流行疫情指揮中心宣布，4月1日起禁止入境需居家檢疫旅客搭乘國內航線班機及船舶等大眾運輸工具，此外，我國全面禁止旅客來台轉機政策，亦配合延長；在兼顧民眾合理權益及國內防疫安全等雙重前提下，訂定「社交距離注意事項」，降低社區感染風險。
04/01
本部中央健康保險署訂定「因應COVID-19(武漢肺炎)疫情期間健保費緩繳相關協助措施」，提供符合資格之投保單位及被保險人109年2月至7月健保費緩繳6個月、欠費分期繳納，緩繳期間免予催繳、免徵滯納金及移送行政執行等協助措施。申請期間自109年4月1日至109年9月30日。
04/07
為呼應WHO訂定2020國際護理助產年(International Year of the Nurse and the Midwife)及宣布今年世界衛生日主軸為「支持護理師及助產師」，本部規劃「2020世衛日．護助年」系列活動，以「護台灣，助世界」為活動宣導核心，於世界衛生日正式啟動，結合本部官方臉書、推特及Line等社群平台宣傳，並邀請民眾至活動網站寫下與護理人員的美好經驗，期藉此給予所有站在防疫最前線的護理人員支持與肯定，更讓全球看見台灣可以幫助世界！
04/08
本部何政務次長啟功及食品藥物管理署吳署長秀梅率隊陪同蔡總統英文、行政院陳副院長其邁、桃園市鄭市長文燦共同參訪「旭富製藥科技股份有限公司」，感謝該公司捐贈1公噸奎寧原料藥給中央流行疫情指揮中心協助防疫工作，並承諾未來每批次生產均會保留至少3公噸原料藥，以備足國內用藥的需求，確保國人健康。
04/10
發布「衛生福利部對受嚴重特殊傳染性肺炎影響醫療（事）機構住宿式機構紓困貸款及利息補貼作業要點」。
04/10
公告新增「全民健康保險中醫慢性腎臟病門診加強照護計畫」，自109年4月1日起實施。
04/10
公告修正「全民健康保險急性後期整合照護計畫」，自109年1月1日生效。
04/10
公告修訂「全民健康保險居家醫療照護整合計畫」，並自公告日起生效。
04/10
行政院核定「衛生福利部防疫中心興建工程計畫」，未來本部疾病管制署將建置完善的檢驗實驗設備，並整合疫情監測、檢驗研究、疾病防治及政策規劃等單位，以及「國家衛生指揮中心(NHCC)」，打造一個完整的防疫園區，以因應各種新興傳染病的挑戰。
04/13
公告「中藥廠執行中藥優良製造確效作業基準，規費減(免)徵短期專案措施」，以鼓勵生產濃縮製劑之中藥廠實施確效作業，俾利中藥製造品質符合國際發展趨勢。
04/14
發布修正「執行嚴重特殊傳染性肺炎醫療照護及防治發給補助津貼及獎勵要點」。
04/14
公告修正 「食品添加物使用範圍及限量暨規格標準」 第二條附表一、 第三條附表二，增列甜味劑羅漢果醣苷萃取物及修正硬脂酸鎂、碳酸鎂、磷酸二氫鈣、苯甲酸鈉、乳酸亞鐵及碘酸鉀等6項規格標準，與國際規範調和。
04/14
公告109年4、5、6月份全民健康保險臺灣地區外自墊醫療費用核退上限。
04/15
公告修正「食品含戴奧辛及戴奧辛類多氯聯苯處理規範」，名稱並修正為「食品含戴奧辛及多氯聯苯處理規範」，納入六項指標性非戴奧辛類多氯聯苯，以加強管理。另修正肉類食品類別名稱為禽畜製品類；修正內臟及衍生產品食品項目名稱為內臟及其製品，且其計算基準以脂肪計改為總濕重計。
04/15
為促進牙醫醫衛及口腔衛生人才國際交流合作，本部「Taiwan Special Smile計畫」分別於3月30日及4月15日與世界公共衛生協會聯盟（the World Federation of Public Health Associations,WFPHA)、全球兒童口腔基金會(the Global Child Dental Fund,GCDF)合作舉行兩次國際線上研討會，各國專家學者計有近600人次上線參與。
04/16
本部醫事司石司長崇良、資訊處龐處長一鳴參與斯洛伐克舉辦之「科技論壇活動平台」視訊會議，分享臺灣的防疫現況與策略及入境檢疫措施與防疫追蹤系統，提高我國國際能見度，促進兩國關係。
04/18
國內新增海軍敦睦艦隊官兵感染武漢肺炎病例，同隊共有3艘軍艦，合計744人，本次敦睦遠航支隊群聚事件共36例確定病例，均僅限於磐石艦，侵襲率9.5%，相較他國海軍艦隊為低，疫情規模較小，推測與磐石艦上推行戴口罩及隔離發燒者等防治措施有關。
04/20
發布修正「衛生福利機構照顧護理人員及社會工作人員執行嚴重特殊傳染性肺炎防治工作著有績效者發給獎勵要點」第2點。
04/21
發布修正「嚴重特殊傳染性肺炎防治及紓困振興特別條例」部分條文，將600億元紓困預算拉高至2100億元，並得視疫情，再另以不超過原預算額度，編列特別預算送立法院審議。
04/22
發布「照顧服務員到宅執行嚴重特殊傳染性肺炎防治工作著有績效者發給獎勵要點」。
04/22
「口罩實名制3.0」上線，民眾可於超商進行口罩預購及付款等作業。
04/25
中央流行疫情指揮中心陳指揮官時中陪同行政院蘇院長貞昌視察防疫旅館，感謝中央、地方與民間合作，協力讓居家檢疫者能住得安心，守護社區健康。
04/25
中央流行疫情指揮中心陳指揮官時中至臺北市立聯合醫院和平院區勉勵防疫醫護人員，並表示2003年4月24日因爆發嚴重急性呼吸道症候群(SARS)院內感染而封院，當時留下了歷史傷痛，造就台灣今日防疫方面的進步，未來還要持續努力。
04/27
本部陳部長時中與美國衛生及公共服務部部長阿札爾(Alex Azar II)舉行雙邊電話會議，深入交流嚴重特殊傳染性肺炎(簡稱COVID-19)防疫策略，全球衛生安全及臺灣參與世界衛生組織(WHO)之議題，雙方同意未來繼續深化及擴大衛生領域之合作，尤其強調在COVID-19疫苗、藥物研發以及防疫物資等臺美防疫合作。
04/28
中央流行疫情指揮中心成立第100天，台灣的防疫成果，世界有目共睹。指揮中心感謝站在第一線的防疫及醫療人員，以及所有配合防疫措施的民眾，唯有團結合作，才能守護國內全民健康，確保得來不易的防疫成果。
04/29
本部中央健康保險署(以下簡稱健保署)開發「口罩響應人道援助」功能，於「健保快易通APP」及「健康存摺」新增響應人道援助口罩功能，並於健保署資料開放服務平臺新增「口罩響應人道援助之前1日同意援助明細清單」。
04/29
公告「衛生福利部對受嚴重特殊傳染性肺炎影響社會福利事業單位維持費及人員超時工作酬勞紓困申請審核作業規定」，並自109年1月15日生效；申請日期另行公告。
