接任亞東醫院院長 迎向醫院管理的挑戰
1999年，62歲的朱樹勳再次將自己推向新的挑戰，「當時我覺得年輕時的夢想在臺大醫院都已實現，該做的事都已經完成了。」於是，當亞東醫院亟思變革轉型之際，他辭去臺大醫院副院長之職，自告奮勇轉戰亞東醫院接任院長，擘畫亞東醫院邁向醫學中心之路。朱樹勳首先提出以心臟醫學、重症醫學、癌症醫學、移植醫學、創傷醫學、微創手術、腎臟醫學為亞東醫院的醫療核心專長，並籌建心臟外科及心臟血管醫學中心，上任不到半年，即完成新北市第一例開心手術，一年後的同一天，完成著名的三心人心臟移植成功案例。
亞東醫院通過醫學中心評鑑，這個看似遙不可及的任務，時隔不到七年的時間，首次在2006年達成，亞東醫院也升格為新北市唯一的醫學中心。在朱樹勳的帶領下，16年內亞東醫院通過三次醫學中心評鑑，在學術研究、醫院規模擴張都交出亮眼成績，亞東醫院也在2008年榮獲第18屆「國家品質團體機關獎」殊榮，逐一達到自己設定的挑戰。朱樹勳說，這些目標並非為了標新立異，而是透過醫療品質的提升，最終讓更多病人能夠受惠。
